次日，太子朱翊钧召集内阁及吏、户、工等部堂官，於文华殿议事。
会上，太子出示相关文书，痛斥周应麟之劣行，肯定陈志和之建言，并将完善後的「吏员廉租并与考绩挂钩、分配权下放各部」的新方案交付讨论。
高拱率先表示支持，认为此乃激励实务之良法。
雷礼亦赞同。
张居正沉吟片刻，见风向已变，且新方案将具体事务和人情下放，减少了中枢压力和直接耗费，亦未再反对。
其余部堂官见内阁意见趋向一致，海瑞弹章在先，舆论在後，更不敢再以「贵贱」空言强驳。数日後，太子朱翊钧正式批覆，准予施行《变通吏员廉租并与考绩关联事宜》。
诏令强调，「此为人君体恤下僚、激励勤勉、澄清吏治之举，着各部院严肃考绩，秉公分配，都察院及中书门下负监督核查之责。」
旨意下达，喧嚣一时的「吏员楼」之争，终以这样一种方式落定。
吏部考功司的书吏陈志和，因献策之功及被诬陷之冤屈，经吏部与都察院合议，特擢升一级。但是他在吏部这件事，基本上在吏部也很难混下去了，陈志和请辞。
这时候苏泽发话，将陈志和调来了中书门下五房，在吏科任职。
而主事周应麟，则被革去官职，逐出京师，外放边远小县任杂职。
都察院的驻部御史们，则因此事，愈发盯紧了各部司官员与吏员之间的微妙关系，吏员也可以成为监督官员，揭发贪腐的突破口。
文华殿议事结束後，朱翊钧回到东宫暖阁，坐在大案後沉默了很久。
他没有立刻看奏疏，而是让张鲸把今天议事的所有文书、弹章、报纸摘录都摆在了面前。
冯保轻手轻脚地进来，说皇爷今日精神稍好，问起朝会的事。
朱翊钧仔细回了，冯保点点头退下。
殿内又只剩下书页翻动声。
朱翊钧看着那堆文书，脑子里过了一遍这些天的事。
一开始是苏师傅递上《请建吏员楼》的摺子，接着是报纸上那些「贵贱有别」「虚耗国帑」的文章，然後周应麟跳出来，诬陷陈志和，再後来林御史查实，海瑞上弹章，舆论转向。
太子的手指在案上轻轻敲着。
他想起父皇以前教过的话：「朝堂上的事，看起来吵的是道理，底下争的都是利益和位置。」当时他不太懂。
现在好像明白了一点。
周应麟反对
…。。